L'origine dell'attuale azienda risale al 1896, quando lo spagnolo Federico Paternina acquistò tre bodegas a Ollauri, nella zona della Rioja. Tra questi c'era il Conde de los Andes, che risale già al XVI secolo. Nel 1920, Paternina acquistò una cooperativa a Haro, espandendo così notevolmente la sua produzione. A partire dagli anni 40, i vini cominciarono ad essere esportati in tutto il mondo. Negli anni '60, l'azienda incontrò sempre più difficoltà e fu acquisita dalla società Rumasa (di proprietà di José Marea Ruiz Mateos). Ma i problemi della Paternina e anche del nuovo proprietario sono diventati ancora più grandi. Poi, all'inizio degli anni '80, la società Rumasa, pesantemente indebitata, e con essa la Paternina, fu rilevata dal governo spagnolo.
In un'asta, Paternina fu acquistata da Marcos Eguizábal Ramirez nel 1985 per una sola peseta. L'inizio è stato duro, per esempio 40.000 casse di vino di scarsa qualità hanno dovuto essere distrutte. Nel 1990, una nuova cantina è stata messa in funzione a Haro. A metà degli anni '90, i buoni prodotti avevano ripristinato la vecchia reputazione. Nel frattempo, il figlio di Marco, Carlos Eguizábal, lavorava nell'azienda. Infine, la Paternina è diventata pubblica nel 1998. A proposito, anche la cantina Bodegas Franco Españolas appartiene all'azienda. Già nel 1994 fu acquistata la società "Bodegas Internacionales" di Jerez, che possedeva una serie di marchi tradizionali di sherry come Bertola, Díez Hermanos, Marqués de Mérito, Bertola e José Pemartín y Cia. Paternina cominciò ora a produrre più sherry e brandy de Jerez ed emerse come un produttore leader. La produzione di sherry è stata poi rivenduta.
La nuova cantina Rioja si trova nella città di Haro nel centro della sottozona Rioja Alta. I suoi vigneti propri coprono 100 ettari di vigne, ma acquista anche uva su larga scala da cooperative e viticoltori. Per lo sviluppo dei vini, sono disponibili 50.000 botti di barrique. La maggior quantità di produzione è costituita dalle Crianzas "Banda Azul", "Banda Rojo" e "Banda Dorada" (70-80% Tempranillo, 10-20% Garnacha Tinta, 5-10% Mazuelo, fino al 5% Graciano). I prodotti di punta sono il Reserva "Viña Vial", così come le Gran Reservas "Federico Paternina" (65% Tempranillo, 15% Garnacha Tinta, 10% Graciano, 10% Mazuelo) e "Conde de los Andes" (80% Tempranillo, 10% Garnacha Tinta e 10% Mazuelo). Una nuova bodega nel comune di Quintana del Pidio vicino a Pesquera de Duero nella regione di Castilla y León è stata aperta nel 2000. I vigneti della DO Ribera del Duero coprono 41 ettari di vigne a Quintana del Pidio, Gumiel de Mercado e a Gumiel de Izán. È prevista un'espansione fino a 100 ettari. I vini sono stati commercializzati con l'etichetta Marqués de Valparaiso dall'annata 2004.
